Norges förra skiddrottning Marit Bjørgen kom tvåa, 54 sekunder efter Andersson och Astrid Øyre Slind kom trea, 3.52 minuter efter segrarinnan. Anderssons landslagskompis Emma Ribom kom fyra, drygt sju minuter efter.
Ida Dahl, som ligger tvåa i långloppscupen, var dryg tio minuter efter segraren på en nionde plats. Britta Johansson Norgren blev åtta och leder sammanlagt.
Trots att Marit Bjørgen tog in ordentligt på slutet var Ebbas seger aldrig hotad.
– Jag är så nöjd med segern eftersom det är så tuff konkurrens i Ski Classics och jag tog ingenting för givet, säger Ebba Andersson till SVT.