I straffläggningen kunde Malmö avgöra och vinna med 5-4 (1-1, 2-1, 1-2, 0-0, 1-0) i Damettan södra.
Målgörare för Malmö var Mia Bau Hansen 2, Silke Glud 2 och Julie Jensen, medan målen för Linköping 2 gjordes av Moa Gustafsson 2, Kelsey Saelens och Frida Simonsen.
Förlusten var Linköping 2:s andra uddamålsförlust.
För Malmö gör resultatet att laget nu ligger på femte plats i tabellen, medan Linköping 2 är på tredje plats.
Linköping 2 tar sig an Troja/Ljungby i nästa match hemma söndag 23 oktober 13.30.