Malmö tog ledningen efter 11.32, genom Hilda Törner på pass av Silje Kongstorp Johansen och Amanda Andersson.
Andra perioden blev mållös. Efter 8.35 gjorde Malmö 2-0 genom Silje Kongstorp Johansen.
Klara Weståker reducerade förvisso, men närmare än 2-1 kom inte Linköping 2.
Resultatet innebär att Malmö är klara seriesegrare och Linköping 2 ligger på fjärde plats i tabellen.
I nästa match möter Linköping 2 Hvidovre borta på lördag 29 januari 17.10.