Karlskrona gjorde det matchvinnande 4-3-målet med 23 sekunder kvar att spela av matchen.
Ville Nyberg stod för Karlskronas avgörande mål med bara 23 sekunder kvar av matchen.
Linköping stod för tre raka mål i första perioden när laget ryckte åt sig ledningen med 3-0.
Karlskrona reducerade dock till 3-1 genom Gabriel Hedmark efter 19.56 av perioden. Efter 1.06 reducerade Karlskronas Olle Sandell på nytt framspelad av Anton Händelsten och Kevin Johansson. 1.10 in i tredje perioden nätade Karlskronas Simon Olvedal på pass av Emil Jakobsen Saaby och Olle Sandell och kvitterade för Karlskrona.
Karlskrona avgjorde matchen med 23 sekunder kvar att spela genom Ville Nyberg assisterad av Oliver Heinonen. Nyberg fullbordade därmed Karlskronas vändning.
Det här var Linköpings andra uddamålsförlust den här säsongen.
Linköping har nu sju poäng och Karlskrona har tolv poäng när båda lagen har spelat fyra matcher.
Nästa motstånd för Linköping är Vita Hästen. Lagen möts söndag 6 oktober 13.40 i Himmelstalundshallen.