Emil Johansson och Philip Persson Lundgren gjorde målen för IFK Malmö, medan Theo Forsman nätade för FC Linköping.
För IFK Malmö gör resultatet att man nu ligger på sjunde plats i tabellen, medan FC Linköping är på 16:e och sista plats.
Nästa motstånd för FC Linköping är Oskarshamn. Lagen möts lördag 3 juli 19.00 på Arena Oskarshamn.