Linnea Lundström slog till efter 66 minuter och blev matchhjälte med sitt 2-1-mål.
Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 57:e minuten innan Babylonya Betashur gav Smedby B ledningen.
Med en knapp halvtimme kvar att spela fick Rebecka Johansson träff och kvitterade för Åtvidaberg.
Bara tre minuter senare var det Linnea Lundström som såg till att Smedby B tog ledningen.
Förlusten var Åtvidabergs femte uddamålsförlust.
Smedby B ligger på tredje plats i tabellen efter matchen, medan Åtvidaberg är på tionde plats.
Lördag 7 oktober 12.00 spelar Åtvidaberg hemma mot Kenty B i sista omgången.