David Vävinggren gjorde båda målen för LiU.
LiU har nu en fin svit med tre matcher i rad utan att ha släppt in mål.
Segern var LiU:s femte på de senaste sex matcherna.
Malmen har två vinster och tre förluster på de senaste fem matcherna.
Resultatet innebär att Malmen ligger kvar på elfte och sista plats och LiU toppar tabellen.
Nästa gång lagen spelar i serien är lördag 1 oktober. Då möter Malmen Linghem på Lingheden 12.00. LiU tar sig an Kimstad hemma 14.00.