23-åringen, med U21-matcher för Kosovo på meritlistan, är ute efter revansch efter ett skadefyllt 2017.
"Jag är redo för en ny säsong och jag är övertygad om att den kommer bli lyckad", säger Pacolli i ett pressmeddelande från klubben.
Citys Melke Alan är lika positiv:
"Det är en spelare som jag trodde väldigt mycket på då han kom till oss under förra säsongen. Tyvärr fick han inte fullt ut visa sina kvaliteter på grund av lite för många skador. Därför blir han som ett nytt nyförvärv för oss. Får han bara hålla sig frisk är han en spelare som jag vet håller högre upp, absolut i superettan om inte ännu högre upp i framtiden".
Linköping City vann division 2 i höstas och spelar i division 1 norra kommande säsong.
Det nya kontraktet är skrivet på ett år.
"Jag har sedan säsongen tog slut tränat hårt på egen hand och ser nu fram mot att börja träna med laget igen. Det finns en stark vinnarmentalitet bland spelare och ledare i Linköping City och det är en av de positiva sakerna jag gillar med laget", säger Shkelqim Pacolli.