Björkegren ledde Linköping till bejublat SM-guld 2017 och kommer närmast från en sejour som huvudtränare i Racing Louiseville i USA. Corren skrev redan tidigare i veckan om nya jobbet, men då dementerade han själv uppgifterna.
Nu är det presenterat.
Malmö FF var överlägset i division 1 och nu väntar elitettan.
"Det känns som en spännande resa att få vara med på. Jag blev huvudtränare som 25-åring och genom åren har jag haft olika konkreta mål och uppfyllt många, som SM-guld och utlandsäventyr. Nu kändes det helt rätt när Malmö FF kom in i bilden", säger Björkegren, som skrivit på ett tillsvidarekontrakt, till klubbens webbplats.