Erik Grandelius gjorde två mål, övriga mål för hemmalaget gjordes av Benjamin Tannus och Samuel Östlund.
För Åtvidabergs FF gör resultatet att man nu ligger på tolfte plats i tabellen, medan IFK Malmö är på åttonde plats.
I nästa omgång har Åtvidabergs FF Lindome borta på Lindevi IP, söndag 12 september 14.00.