Målgörare för hemmalaget var Izuchukwu Emeh och Emil Fritzell, och för bortalaget Jesper Beurling och Emil Dagnäs.
Mjölby AI ligger på nionde plats i tabellen efter matchen, medan IFK Eskilstuna är på tolfte plats.
Lördag 9 oktober 15.00 spelar Mjölby AI hemma mot Nyköping.