Bortalaget stod för en bra första halvlek och ledde alltså med 2-1. Mjölby AI lyckades inte hämta igen i andra halvlek, som slutade mållös.
David Lundgren gjorde hemmalagets mål, medan Gilbert Ishimwe gjorde båda målen för bortalaget.
Eskilstuna Citys nya tabellposition är sjunde plats, medan Mjölby AI är på elfte plats.
I nästa omgång har Mjölby AI Syrianska borta på Södertälje Fotbollsarena, lördag 14 augusti 15.00.