Han förlorade lagkaptensbindeln i Arsenal, ställdes utanför laget och lagom till Afrikanska mästerskapen testade han positivt för covid-19.
Nu avbryter Aubameyang vistelsen med Gabon i Kamerun och återvänder till London.
Tidigare har även mittfältaren Mario Lemina åkt hem till Nice av samma skäl som Aubameyang.
Ingen av dem hann spela en minut i mästerskapet.
Gabon ligger tvåa i sin grupp och möter Marocko i den sista gruppspelsmatchen.