Men efter paus hämtade Skärblacka ikapp underläget och säkrade en poäng, 2-2 (2-0).
Det var AFK Linköpings fjärde match i rad utan seger.
Hemmalagets båda mål gjordes av Youssef Khaled, medan William Is och Joachim Poikela gjorde gästernas mål.
Båda lagen har haft en tuff start på säsongen. AFK Linköping har bara ett poäng och Skärblacka har två poäng efter fyra spelade matcher.
I nästa omgång har AFK Linköping Torstorp borta på Atlaslunden, lördag 22 augusti 14.00.