Den kritiserade Unitedmittfältaren Darren Fletcher nickade in matchens enda mål, då han smet ifrån markeringen och lobbnickade in bollen på Christiano Ronaldos inlägg.
Hans-Erik Engström -- också han Linköping - gick inte till final.
I föreningsslagtävlingen för seniorer kom Mjölby på 16:e plats, två placeringar före Linköping.
Upplösningen blev dramatisk.
Pettersson ledde inför det 16:e hålet, men gjorde "bara" bogey på det. Amerikanen såg dessutom till att sänka birdieputten på hål 17 och hade därmed passerat svensken.
Andraplatsen gör ändå att "Calle P" mer eller mindre är garanterad en plats bland de 40 främsta på penninglistan, vilket skulle ge en plats i startfältet i nästa års Masters på Augusta. Helgens mer prestigefyllda tävling, PGA-mästerskapen, vanns av Bart Bryant, sex slag före Tiger Woods.