En delstatsmyndighet i São Paulo säger i ett uttalande att "en 89-årig affärsman greps efter att polis hittat en pistol i hans bagage på onsdagen runt 21.30 på Viracopos flygplats i Campinas".
Vapnet beslagtogs efter att Ecclestone erkänt för polis att det var hans. Han släpptes därefter mot borgen på drygt 12 350 svenska kronor.
Enligt brasilianska medier ska den förre F1-chefen kort därefter tagit ett privatjet till Schweiz.
Ecclestone, som basade över F1 i nästan fyra årtionden innan formel 1-gruppen såldes 2017, har familj i Brasilien och reser frekvent till den sydamerikanska nationen.