Matchen slutade 4-3 (3-2). Jönköping hade före lördagens match fyra förluster i rad.
Lukas Wahlgren blev matchhjälte med sitt avgörande 4-3-mål på övertid.
Jönköping tog ledningen i början av första halvleken genom Malte Ekenstierna.
Motala kvitterade till 1-1 genom Melvin Klint i sjätte minuten av halvleken.
Jönköping gjorde dock två mål i matchen och gick från 1-1 till 3-1.
Motala reducerade dock på nytt till 3-2 genom Patrik Spångberg i 27:e minuten av halvleken. Motala kvitterade också till 3-3 genom Filip Påhlson i andra halvleken.
Jönköping gjorde dock 4-3, återigen genom Lukas Wahlgren i 90:e minuten och avgjorde matchen.
Förlusten var Motalas andra uddamålsförlust.
Med en omgång kvar är Jönköping på nionde plats i tabellen, medan Motala fortfarande leder serien, två poäng före Skirö.
När lagen senast möttes vann IFK Motala med 9-2.
Motståndare i sista omgången för Motala är Katrineholm U. Lagen möts söndag 23 februari 17.00 på LMT Arena.