Ärendet gäller 1998 års taxering.
Ur och Penn ska också betala skattetillägg om 1,3 miljoner kronor.
Målet har sin upprinnelse i att bolaget bytte ägare och i samband med det fick ett aktieägartillskott.
Ur och Penn anses har lämnat en oriktig uppgift i deklarationen genom att inte upplysa om att tillskottet från att ha varit villkorligt förvandlades till ovillkorligt. Tillskottet gjorde det möjligt att utnyttja en större del av bolagets underskott.
Reglerna är till för att försvåra handel med förlustbolag, så kallade skalbolag.
Ur och Penn har hävdat att reglerna är svårtolkade och att det inte finns någon praxis. Men ingen av instanserna länsrätten respektive kammarrätten i Stockholm har köpt den resonemanget.
Ur och Penn finns numera i Upplands Väsby.