Merz sade på måndagen att hans parti "aldrig" kommer att samarbeta med AFD, och avslutade därmed trevare om ett möjligt regeringssamarbete med ytterhögerpartiet efter nyvalet som hålls 23 januari.
Tidigare har den politiska fronten varit enad mot AFD bland förbundsdagens övriga partier. AFD har hållits borta från allt inflytande – något som fått begreppet "brandmuren". Men CDU och systerpartiet CSU från Bayern antydde möjligheter om en framtida samverkan med AFD – vilket fördömts av övriga partier.
Allt ställdes på sin spets i förra veckan när CDU sökte stöd hos AFD för ett lagförslag om skärpta asyllagar. Förslaget röstades ned i förbundsdagen, med åtföljande massiv kritik.
Omfattande protester genomfördes i flera stora städer i helgen mot CDU:s högervridning. I Berlin samlades uppemot 200 000 deltagare på söndagen.
Merz har också kritiserats av CDU:s tidigare ledare, före detta förbundskanslern Angela Merkel, som i ett för henne ovanligt inlägg i den politiska diskussionen varnade för högervridningen.
Vid ett partimöte i Berlin på måndagen kovände Merz:
– Vi kommer inte att arbeta med partiet som kallar sig självt för Alternativ för Tyskland, inte före (valet), inte efter, aldrig, sade han.
– Detta parti står emot allt det som vårt parti och vårt land byggt i Tyskland de senaste åren och decennierna.