Den misstänkte gärningspersonen, en 16-åring, greps någon kilometer från platsen kort efter attacken. En kniv hittades i närheten.
Motivet till dådet är inte känt.
Inledningsvis uppgav polisen att kvinnorna, som attackerades i en butik i ett köpcenter i staden Hradec Králové, var skadade. Senare meddelades att båda dödats.
Enligt polisen är situationen under kontroll och det föreligger ingen fara för allmänheten.