Detta skedde under en ovanlig ceremoni med den från sjukhus nyligen utskrivne president Milos Zeman sittandes i rullstol bakom plexiglas, då han har covid-19.
Fiala är ledare för en borgerlig allians bestående av fem partier som kontrollerar 108 platser av totalt 200 i parlamentets underhus, efter valet i oktober då oppositionen besegrade tidigare premiärministern Andrej Babis.
President Milos Zeman blev inlagd på sjukhus dagen efter valet och eftersom det är han som ska utse regeringsbildare hamnade landet i konstitutionell kris.