"Efter att ha granskat bevisen (...) beslutade vi att det var rimligt att åtala den tilltalade", säger åklagaren till koreanska mediebolaget YTN.
Den 64-årige Yoon greps i en stor polisinsats den 15 januari efter att ha vägrat infinna sig hos utredare och i stället barrikaderat sig i presidentpalatset.
Han anklagas för att ha varit ”ledare” i ett försök att genomföra en statskupp efter hans misslyckade utropande av undantagstillstånd.
Yoon har nekat till brott och kallat undantagstillståndet för legitimt. I ett uttalande säger hans advokater att "undantagstillstånd inte kan inte erkännas som uppror”.
”Vi är övertygade om att sanningen kommer att segra i en domstol", säger de.
Förutom brottsutredningen ska även Yoons framtid som president tas upp av landets konstitutionsdomstol. I och med åtalet blir han den första sittande presidenten i Sydkorea att gripas och åtalas för brott.
Under lördagen försökte åklagare förlänga häktningen av presidenten fram till den 6 februari, men detta avvisades av domaren med hänvisning till att det inte fanns tillräcklig grund för en förlängning.
Det var åklagarens andra försök att få häktningstiden förlängd. Även det första försöket avslogs av domstolen i Seoul.
Under tillkännagivandet av undantagstillståndet kallade Yoon nationalförsamlingen för ”en håla av brottslingar” och lovade att eliminera ”skamlösa Nordkoreaanhängare och statsfientliga krafter”.