Såväl anhängare som motståndare till Yoon har samlats utanför hans residens, där han stängt in sig i flera veckor för att undvika förhör.
På videor från platsen syns hur de båda grupperna skriker åt varandra, med polis som försöker hålla ordning i mitten.
– Vi betraktar åtgärder som att sätta upp olika barrikader och att låsa järngrindar för att stoppa verkställandet av vår arresteringsorder som ett hindrande av officiella åtgärder, säger Oh Dong-Woon, chef för den antikorruptionsmyndighet som på engelska förkortas CIO, en del av den grupp organ som utreder Yoon.
Han tillade att de som gör något sådant riskerar åtal.
Yoon utreds med anledning av att han i början av december utlyste undantagstillstånd, vilket kastade in Sydkorea i politiskt kaos. Han togs ifrån sin presidentmakt den 14 december, efter att parlamentet röstat för att ställa honom inför riksrätt.
På måndagen godkände en sydkoreansk domstol en arresteringsorder gentemot den avstängde presidenten. Enligt Oh Dong-Woon räknar utredningsgruppen med att verkställa gripandet inom tidsfristen, som löper ut den 6 januari.
– Vi strävar efter en smidig process utan större störningar, men vi samordnar också för att mobilisera polis och personal som förberedelse.