Budskapet ska ha framförts under ett telefonsamtal mellan ledarna.
"Alla försök att blanda sig i en suverän stats inre angelägenheter och att från utlandet pressa legitima myndigheter är oacceptabelt", skriver Kreml i ett uttalande.
Uppmaningen kommer sedan Macron i tisdags träffat Belarus oppositionsledare Svetlana Tichanovskaja i Litauen. Enligt henne har Macron bland annat lovat att hjälpa till i förhandlingar med de belarusiska myndigheterna.
– Han lovade att göra allt för att hjälpa till med förhandlingar under den här politiska krisen i vårt land, sade Tichanovskaja till journalister efter mötet med Macron i tisdags.
Förra veckan slog EU fast att Belarus auktoritära president Aleksandr Lukasjenko inte är landets legitime ledare och Macron har sagt att det är hög tid för honom att avgå.