15 personer har frihetsberövats för att förhöras efter det att den inledande brottsutredning visat att klubben saknade regelrätt tillstånd. Totalt är över 20 personer misstänkta, vissa av dem vårdas på sjukhus.
Antalet människor inne på klubben var också minst det dubbla mot tillåtna 250 när branden utbröt.
– Vi har skäl att misstänka att mutor och korruption är inblandat i fallet, säger inrikesminister Panche Toshkovski på en presskonferens.
Bland de misstänkta finns bandmedlemmar, klubbägare och arrangörer. En tidigare räddningschef och statssekreterare finns också bland de frihetsberövade.
Antände taket
Det var under ett framträdande med hiphop-duon DNK natten till söndagen som det började brinna på diskoteket Pulse i staden Kocani. 59 personer har konstaterats döda och över 150 har skadats, enligt Toshkovski.
Av de skadade är tillståndet kritiskt för 22 personer. Några av de allvarligast skadade vårdas i andra europeiska länder.
Enligt obekräftade uppgifter började branden med att pyroteknik antände scendekor och innertak under konserten. Konserten skulle enligt klubbens Instagramsida börja vid midnatt, och branden uppges ha uppstått vid 02.30-tiden.
Delar av inredningen beskrivs som väldigt lättantändlig. På filmklipp som lagts ut på mediesajter syns hur klubbens anställda rusar till med pulversläckare när lågorna börjar slicka väggarna i lokalen.
Trampades ihjäl
Kocani är en mindre ort i landets östra delar, och saknar vårdkapacitet för en så stor olycka.
– Över 100 skadade har förts till sjukhus i Stip, Kocani och (huvudstaden) Skopje, säger Toshkovski.
Sjukhuschefen i Kocani uppger att de flesta av de omkomna dog när folkmassan i panik försökte fly branden.
Utanför sjukhusen har släkt och vänner samlats i väntan på information.
– Han var min ende son. Jag behöver inte mitt liv längre, säger en förkrossad far till AFP.
Värsta i sitt slag
Tragedin beskrivs som den kanske värsta i sitt slag i Nordmakedoniens historia. Såväl Toshkovski som premiärminister Hristijan Mickoski meddelar att de ska följa räddningsarbetet och katastrofutredningen på plats i Kocani.
Landet får samtidigt kondoleanser från grannländer, som även erbjuder vårdstöd om det skulle behövas. Även påve Franciskus har i ett uttalande skickat sina kondoleanser efter branden.
En sju dagars landssorg kommer att utlysas.
Rättelse: I en tidigare version förekom ett felaktigt namn på gruppen som spelade.