Attacken mot byborna skedde i helgen och var en vedergällning för ett tidigare mord på en av boskapsskötarna, enligt den lokala polisen.
Runt tolv byar i delstaten Nasarawa ska ha attackerats och 5 000 personer tvingades fly sina hem, enligt en talesperson för böndernas folkgrupp. Lokala uppgifter om antalet dödsoffer har varierat från 8 till 20, men enligt president Muhammadu Buhari är det så många som 45 som har dödats.
Buhari säger att hans regering "kommer att vända på alla stenar för att få tag i förövarna till denna meningslösa och barbariska händelse, och ställa dem till svars."
Den lokala polisen har sagt att både militär och polis patrullerar i området för att återställa lugnet och gripa gärningsmännen.
Dödliga sammandrabbningar mellan muslimska boskapsskötare, som lever som nomader, och mestadels kristna bönder, är inte ovanliga i centrala Nigeria.
Konfliktens rötter sträcker sig över hundra år tillbaka och gäller betes- och vattenresurser, där motsättningarna orsakats av torka, befolkningsökning, utbyggnad av jordbruk på gemensamma marker, samt bristande styre.
Bland de nomadiska boskapsskötarna finns dessutom kriminella gäng, som plundrar och bränner byar, vilket har förvärrat situationen.