Enligt en israelisk obduktion hade alla sex personer skjutits ihjäl på nära håll, två till tre dygn före obduktionen på söndagen.
Israelisk militär hittade kropparna på lördagseftermiddagen.
Flera av dem skulle ha frigivits i händelse av ett avtal om vapenvila, säger en högt uppsatt Hamaskälla till AFP.
I stället förs de hem till ett land i sorg i liksäckar. Fem av de döda tillfångatogs vid Hamas terrorattack mot musikfestivalen Supernova den 7 oktober förra året, den sjätte fördes bort från en kibbutz.
Militären uppger att de dödats kort innan de skulle räddas av israeliska styrkor.
Ber om ursäkt
Israels president Isaac Herzog ber å statens vägnar familjerna om ursäkt för att man misslyckats med att få hem dem i säkerhet, skriver Haaretz.
En av de döda är 23-årige Hersh Goldberg-Polin. Han var både israelisk och amerikansk medborgare och figurerade i ett filmklipp som publicerades av Hamas i april, där han syntes med endast en hand.
"Det är med stor sorg och bestörtning som familjen Goldberg-Polin meddelar att att deras älskade son och bror Hersh är död", säger hans familj i ett uttalande.
Biden, som haft möte med Goldberg-Polins föräldrar, säger i ett uttalande att han är "förkrossad" över nyheten.
Anklagar Netanyahu
Runt 250 personer togs som gisslan under Hamas attack mot Israel den 7 oktober förra året. Innan det bekräftades att sex av dem hittats döda under lördagen uppgav Israel att man tror att 108 av de tillfångatagna fortfarande finns kvar i Gaza och att runt en tredjedel av dem inte längre är vid liv.