Röda halvmånen skriver på X att personer från organisationen och palestinier som tvingats fly uppmanas att evakuera byggnaden under vapenhot. De beskrivs befinna sig i "allvarlig fara".
En talesperson för den israeliska militären förnekar stormningen och säger att inga styrkor befinner sig inuti sjukhusbyggnaden, rapporterar flera medier med hänvisning till Reuters.
Liksom under de senaste dagarna har Israel fortsatt att flygbomba och beskjuta Gazaremsan. På marken pågår strider på flera håll, men som mest intensivt kring staden Khan Yunis i syd.
Där pågår strider i stadsmiljö, i ett lerigt landskap bland sönderbombade byggnader och ovanpå ett omfattande tunnelnätverk.
Minst 128 människor dödades under natten till tisdagen, enligt den Hamasstyrda vårdmyndigheten i det palestinska området. Enligt de palestinska uppgifterna har fler än 26 750 dödats där sedan krigsutbrottet i början av oktober.
Sjukhusräd i Jenin
Israels militär säger sig i en tisdagsuppdatering ha dödat "fler än 2 000 terrorister ovan och under jord".
På ockuperade Västbanken har israeliska soldater utfört en räd mot ett sjukhus i staden Jenin.
På filmklipp som har spridits av palestinska vårdmyndigheter ses flera beväpnade personer röra sig i sjukhuslokalerna i vårduniformer och civila kläder med slöjor, med bland annat en rullstol och ett babyskydd utan barn i.
"Terrorcell"
Tre män sköts till döds. Terrorstämplade Hamas har gått ut med att alla tre var medlemmar i organisationen. Enligt Israels militär var de med i en av Hamas "terrorceller" och de anklagas för att ha haft långt gångna planer på en terrorattack inspirerad av Hamas storskaliga attacker mot Israel den 7 oktober.
Där Israel anklagar gruppen för att ha utnyttjat sjukhuset som ett gömställe påtalar de palestinska myndigheterna att sjukhus måste åtnjuta ett särskilt skydd enligt internationell rätt.