Enligt ett uttalande från departementet har beslutet fattats bland annat mot bakgrund av att Israel enligt Egypten genomför allt allvarligare och mer omfattande attacker mot civila palestinier i Gaza.
ICJ meddelade i januari att domstolen tar sig an målet där Sydafrika anklagar Israel för folkmord i kampen mot terrorstämplade Hamas, efter krigsutbrottet som kom efter Hamas blodiga attack i Israel den 7 oktober. Israel nekar till anklagelserna.
Egypten, som var det första arabland att 1978 sluta fred med Israel, har tillsammans med Qatar och USA tagit en ledande roll i att försöka medla mellan Israel och palestinska Hamas i kriget.
De senaste dagarna uppges dock Egypten ha vägrat samordna hjälpsändningar till Gaza med Israel med hänvisning till att landet står för en "oacceptabel eskalering", enligt egyptiska medier.
ICJ i Haag är FN:s högsta domstol och behandlar tvister mellan stater.
Dess domar och beslut är rättsligt bindande för stater som anslutit sig – däribland Israel – men i praktiken är möjligheterna att säkerställa efterlevnad små.