Militärflyget försvann från radarn efter att det lämnat landets huvudstad Lilongwe på väg mot landets norra delar under måndagsmorgonen.
"Alla försök av luftfartsmyndigheter för att få kontakt med flygplanet sedan det lyfte har hittills misslyckats", står det i ett uttalande från det östafrikanska landets regering.
En sökinsats har inletts, skriver BBC.