Morden rörde upp starka känslor och lokala ledare krävde att armén och FN-styrkorna i området skulle dra sig tillbaka.
Skjutningen inträffade sent på torsdagen i regionen norr om Uvira vid Tanganyikasjön, nära gränsen till Burundi. Den ansvarige soldaten ska fortfarande vara beväpnad och på fri fot, enligt armékaptenen Dieudonne Kasereka.
– En armédelegation och en FN-grupp är i området för att försöka lugna ner befolkningen, som demonstrerar mot armén, säger Dieudonne Kasereka.
Orstbor protesterade under natten genom att blockera en motorväg i området.