Guterres kräver en "omedelbar och ovillkorlig" frigivning av alla hjälparbetare som frihetsberövats av rörelsen.
Huthirörelsen håller ett stort antal anställda från FN och andra hjälpgrupper fångna. I juni förra året tillfångatogs 13 FN-anställda, en person som arbetar på en ambassad och fler än 50 personer som arbetar på andra hjälporganisationer.
"Deras fortsatta godtyckliga frihetsberövande är oacceptabelt", säger Guterres i ett uttalande och tillägger att FN arbetar på alla fronter för att säkerställa en frigivning av dem.
Att Huthirörelsen riktar in sig på att tillfångata FN-personal påverkar organisationens förmåga att hjälpa de miljontals människor som är i behov av humanitärt stöd i Jemen, enligt Guterres. FN har nu stoppat all verksamhet i områden som kontrolleras av Huthirörelsen.
Tillfångatagandena kommer efter att USA:s nya president Donald Trump beordrat att Huthirörelsen återigen ska införas på USA:s lista över utländska terrororganisationer.