Skalvet inträffade utanför ön Kyushus sydöstra kust strax innan kl 17, lokal tid.
Endast mindre vågor på uppemot en halv meter har hittills rapporterats, men landets myndigheter uppmanar fortsatt boende att hålla sig borta från kustnära områden.
2011 skakades Japan av ett enormt skalv och en tsunami som dödade 18 500 människor.
För drygt hundra år sedan, i september 1923, förstördes stora delar av Tokyo i ett jordskalv som krävde totalt 140 000 människoliv.
Rättat: I tidigare versioner fanns ett felaktigt årtal i slutet av texten.