Moïse ska ha mördats i sitt hem i huvudstaden Port-au-Prince av okända gärningsmän, meddelar Claude Joseph. Attacken skedde omkring klockan ett under natten mot onsdag lokal tid.
Även Moïses hustru Martine Moïse skottskadades allvarligt under attacken och ska flygas till Miami, USA, för att vårdas där, meddelar Haitis ambassadör i USA, Boochit Edmond, i en intervju med Reuters.
Låtsades vara polis
Enligt Edmond utgav sig gärningsmännen för att tillhöra den amerikanska narkotikapolisen DEA när de stormade hushållet. Han kallar attentatet för välplanerat och misstänker att gärningsmännen är legosoldater.
Premiärminister Joseph, som säger sig ha tagit över landets styre, uppmanar folket till lugn och hävdar samtidigt att polisen och militären har läget under kontroll.
"Alla åtgärder vidtas för att säkerställa statens fortsatta funktion och skydda nationen", säger den tillförordnade premiärministern, och kallar mordet på presidenten "omänskligt och barbariskt".
Under morgonen förklarade Joseph undantagstillstånd, vilket ger honom större exekutiv makt.
"Håller sig hemma"
Skottlossning hördes i den oroliga huvudstaden under mordnatten, enligt nyhetsbyrån Reuters. Under de tidiga morgontimmarna tycks läget ha varit mer stillsamt.
– Alla håller sig hemma, det är tyst och lugnt, säger studenten Jhonson Mondesir i Port-au-Prince till TT.
På en sprakig telefonlinje betonar han att folk inte vet så mycket, men alla har hört att presidenten mördats. Säkerhetsläget har varit skakigt länge, nu märks det dock i gatumiljön att oron och osäkerheten är ännu värre än vanligt.
– Normalt sett skulle försäljarna vara på marknaden, elever vara på väg till skolor och studenterna till universiteten. Men nu stannar alla hemma, säger Mondesir under förmiddagen.
Dödliga protester
President Moïse hade sedan flera år tillbaka styrt Haiti genom dekret och landet har upprepade gånger skakats av dödliga protester med krav på hans avgång. Det senaste valet han vann ägde rum 2015–2016.
Parallellt har våldet i Haiti ökat kraftigt, med väpnade konflikter mellan rivaliserande gäng – något Moïses styre kritiserats för att inte kunna hantera.
Stängd gräns
Den fattiga önationen är politiskt splittrad, står inför en humanitär kris och matbrist, och oron växer över att oroligheter ska bryta ut på bred front. Grannlandet Dominikanska republiken har stängt sin gräns mot Haiti på ön Hispaniola och flygtrafiken ska ha stoppats efter mordet.
Ambassadören Boochit Edmond säger till Reuters att Haiti är i behov av amerikansk hjälp med att träna landets poliskår och andra säkerhetsfrågor.
Tidigare under dagen har Vita huset sagt att USA är redo att bistå.
Världsledare som USA:s president Joe Biden, Frankrikes utrikesminister Jean-Yves Le Drian och Storbritanniens premiärminister Boris Johnson fördömer alla dådet, som de kallar för avskyvärt och fegt.
Varnar för våldsspiral
FN fördömde den 30 juni vad som beskrivs som systematiska brott mot de mänskliga rättigheterna och attacker mot pressen i Haiti, och uppmanade regeringen att motarbeta spridningen av gängkriminalitet och våld.
Säkerhetsrådets medlemmar är "djupt chockade" över mordet, enligt ett uttalande från Nicolas de Riviere, FN-ambassadör för Frankrike som leder säkerhetsrådets arbete under juli månad. Säkerhetsrådet planerar att samlas för ett möte om Haiti på torsdag.
EU:s utrikeschef Josep Borrell varnar för en våldsspiral i landet. "Förövarna måste hittas och ställas inför rätta", skriver han på Twitter.
Jovenel Moïse blev 53 år.