Mannen hittades i Skoboviken, en boende i närheten av fyndplatsen larmade polisen vid 10.30-tiden på söndagen.
- Vi bedömer att mannen har legat mer än ett dygn i vattnet. Det finns inga misstankar om brott, säger Nils-Erik Eriksson, mediainformatör vid polisen i Jönköping.
Identifieringen försvåras av att den medelålders mannen inte hade någon legitimation. Östgötapolisen har kontaktats om saknade personer som kan stämma in på den döde mannen.