Sabotaget kommer att polisanmälas, meddelar Göta kanalbolaget.
Det är vid två platser mellan Kanalhamnen och bron över E22 som stenarna har observerats.
– Vi har fått information från privatpersoner i Söderköping. De har sett att några har kastat både stora och små stenar på isen, säger Roger Altsäter, vd för Göta kanalbolaget.
Stenarna var del av den nya så kallade strandskoning som ingick det omfattande renoveringsarbete som utförts längs kanalen de senaste åren, till en kostnad på över 200 miljoner kronor bara i Söderköpings kommun.
Strandskoningen ska utjämna kraften från vågor i kanalen och på så sätt skydda mot erosion. Samtidigt som den anlades gjordes också kanalen djupare.
– När isen smälter lägger sig de här stenarna på botten. Det här förstör alltså det arbete som vi har gjort, säger Roger Altsäter.
Göta kanalbolagets vd Roger Alsäter.
Stenarna från den så kallade strandskoningen har kastats ut på isen.
I förlängningen skulle det kunna drabba båtar som går på kanalen sommartid.
– När det kastas i stora stenar kan det drabba Juno, Wilhelm Tham och Diana som går på fullt djup, säger Roger Altsäter.
Händelserna kommer att polisanmälas. Kanalbolaget ska också ta kontakt med kommunen.
– De har bättre koll på om det är några gäng som drar omkring och gör så här. Vi har haft de här problemen tidigare och när vi har agerat har de faktiskt upphört.
Har du någon uppmaning till de som har gjort så här?
– Uppmaningen är självklart att sluta upp med detta. Det är ett kulturarv som de håller på och leker med, säger Roger Altsäter.
Sabotaget upptäcktes på kanalens sträckning mellan E22 och Kanalhamnen.