Varningen gäller södra delarna av Stockholm och kustområdena i Södermanland och Östergötland ner till Blekinge väntas det mycket snö.
Trafikverket varnar för hårda vindar som kan skapa drivbildning, vilket kan skapa problem för både väg- och järnvägstrafik.
Trafikverket råder privatpersoner från att ge sig ut på vägarna om det inte är absolut nödvändigt.
Tidigare under dagen har tågtrafiken i Norrköping och Linköping försenats på grund av ett spårfel söder om Stockholm.
Nu meddelar man att tågtrafiken mellan Linköping–Västervik, Linköping–Kalmar, Oskarshamn–Berga samt Nynäshamn–Ösmo ersätts med buss.
Tåg från Norrköping mot Linköping som skulle ha gått 10.20 och 12.23 har ställts in. Förseningar råder på tåg både mot Malmö och Stockholm.
Under tisdagsmorgonen uppstod problem med spåren mellan Flemingsberg och Södertälje syd som benämdes som en "akut kontroll av spår". Det problemet påverkar fortfarande tågen genom Östergötland.
– Vi håller på att felsöka just nu och kan inte säga vad det beror på eller när tågen kan köra med full kapacietet, säger Alexandra Elias, presskommunikatör vid Trafikverket.
Strax efter lunch meddelade Trafikverket att felet var åtgärdat och att tågtrafiken mellan Flemingsberg och Södertälje syd återigen ska rulla med full kapacitet. SJ meddlear fortfarande på sin hemsida att förseningar i Östergötland är att vänta.
Trafikverket uppger att man har samlat in alla resurser till snöplogning från vägarna. Sex bandvagnar har flyttats till Stockholm för viktiga transporter där vanliga fordon inte kan ta sig fram.
– Vi åker ut till alla drabbade områden. De största större vägarna plogas med tätare intervaller än de mindre trafikerade. Vägarna som har drabbats av snödrev prioriteras, säger Alexandra Elias.
SMHI har gått ut med en klass ett-varning längst med kusten, hela vägen från Örnsköldsvik i norr till Strömstad i väster samt på Vänern.
De varnar för kraftiga snöfall och friska vindar som ger stark kyleffekt.
Det beräknas komma mellan fem och tio centimeter snö, lokalt kan det komma ännu mer.
Enligt SVT har bara enstaka flygavgångar ställts in från Arlanda och Bromma, ett tiotal ska vara försenade.
– Men annars löper trafiken på i stort sett normalt på våra flygplatser, säger Åsa Öhman på Swedavias pressjour, till SVT.
Texten kommer att uppdateras.