Signalfelet ska ha uppstått på sträckan strax efter klockan ett natten mot måndagen.
Enligt Trafikverket ledde det till förseningar och inställda avgångar och drabbade tåg på sträckorna Stockholm-Nässjö/Hässleholm/Malmö samt Östgötapendeln mellan Norrköping och Tranås/Motala.
Flera avgångar från Tranås med Östgötapendeln ställdes in på måndagsförmiddagen och buss fick ersätta i viss mån, meddelade Östgötatrafiken.
Vid lunchtid på måndagen var signalfelet åtgärdat.