Stoppet, som innefattar alla Kustpilentåg på sträckan, gäller från klockan 12 och dygnet ut. Orsaken är kraftiga vindar och stora mängder blötsnö.
Stationerna som påverkas är Linköping C, Tannefors, Basthagen, Åtvidaberg, Falerum, Överums bruk, Gamleby, Tjustskolan och Västervik.
Trafiken beräknas kunna återupptas på fredagen.
Även på sträckan Stockholm C–Norrköping via Nyköping, och omvänt, har tågtrafiken ställts in. Den beräknas kunna återupptas först under fredagen. Avstängningen görs i förebyggande syfte, säger Lii Hylander, presskommunikatör på Trafikverket:
– Att stänga en bana på grund av hård vind eller oväder är inget unikt, det har vi gjort tidigare. Det beror på hur hårt utsatta vissa sträckor är för vind och väder. Nu säger väderprognosen att det ska komma blötsnö och blåsa mycket på den här sträckan och då finns det risk att träd ramlar ner över spår och kontaktledningar. Vi vill inte ha tåg som står stilla.
Snöovädret förväntas bli mer intensivt i Nyköpingstrakten under torsdagseftermiddagen och det väntas blåsa upp emot 20 meter i sekunden i byvindarna, enligt SMHI.
Under torsdagen kan det, uppger Trafikverket, även förekomma förseningar på stambanan på grund av ett elfel mellan Södertälje Syd och Flemingsberg.
För mer information hänvisas resenärer till respektive tågbolag, meddelar Trafikverket på sin hemsida.