Mannen, som jobbar som ungdomspräst i Uppsala stift, häktades på torsdagen på sannolika skäl misstänkt för våldtäkt mot barn.
Brottet ska ha begåtts mellan september förra året och maj i år och det är oklart om det rör sig om ett eller flera barn samt hur många brottstillfällen det handlar om.
Enligt Upsala Nya Tidning erkände prästen vid torsdagens häktningsförhandling att han gjort sig skyldig till sexuellt utnyttjande av barn, men nekade samtidigt till att gärningen ska räknas som våldtäkt mot barn.
Från rättsväsendets sida är man förtegna om ärendet.
– Vi har en del utredningsåtgärder kvar att göra och därför vill jag inte ge ut några detaljer, säger åklagaren Emma Häggström till TT, som uppger att mannen ska vara tidigare ostraffad.
Kyrkoheden i den församling där prästen arbetar är chockad över avslöjandet.
– Det är för djävligt, det kom som en blixt från en klar himmel. Jag har inte känt till något om detta, säger han till TT, som även skriver att den häktade prästen har ansvarat för församlingens arbete med konfirmander och äldre ungdomar.