Det var 14.30 på tisdagen som SJ:s tåg från Norrköping till Stockholm krockade med ett militärfordon och spårade ur utanför Trosa.
På onsdagen uppdaterades Trafikverket sin prognos över trafiken genom det drabbade området.
Tågen kommer att gå en annan väg mellan Södertälje och Norrköping, via Katrineholm. Resande till mellanliggande stationer hänvisas till buss från Södertälje samt Norrköping.
Prognos på när trafiken kan återupptas är först under helgen.
En person fick föras med helikopter till Karolinska Universitetssjukhuset. Personens tillstånd sägs vara allvarligt men stabilt.
Ytterligare tre personerna fick lindriga skador.