Pojken försvann till fots från sin hemadress vid 9-tiden på fredagen.
Polisen kopplades in i ärendet och sökte under förmiddagen efter pojken i hemområdet.
– Vi sökte efter honom lite överallt, i Navestad, i Hageby, i Mirum och i leksaksaffärer, men kunde inte hitta honom, säger Björn Öberg, polisens presstalesperson.
Polisen skulle just gå ut med information på sociala medier om att den lilla pojken saknades – när han äntligen hittades.
Det visade sig att pojken hade tagit sig hela vägen till Linköping på egen hand.
– Troligen har han tagit spårvagnen från Navestad och sedan tagit sig vidare till Linköping med tåg eller buss. Vi tycker det är lite märkligt att ingen har reagerat på att en 6-åring rest alldeles själv, säger Björn Öberg.
När pojken befann sig vid ett fik nära hotellet vid Stångån och Tullbron lyckades han och hans mamma få kontakt i ett videosamtal via en surfplatta som pojken hade med sig.
Personer i området noterade att han verkade vilse och kunde ta över samtalet och reda ut vad som hänt.
En polispatrull som befann sig i Norrköping med mamman kunde snabbt se till att en polispatrull från Linköping åkte till platsen där pojken var och plocka upp honom för att sedan föra honom hem till Norrköping.
– Han är hemma igen nu och mår bra, säger Björn Öberg.
Polisen misstänker inget brott utan lämnar ärendet vidare till socialtjänsten för eventuell hantering.