I januari beviljade Länsstyrelsen i Västra Götalands län Fortifikationsverkets dispens från markavvattningsförbudet och gav tillstånd för avvattningsåtgärder på Karlsborgs flygfält. Beslutet överklagades av 25 olika parter däribland Motala kommun och Aktion Rädda Vättern. Vadstena kommun valde att inte överklaga. Något som upprörde oppositionspartierna.
Mark- och miljödomstolen överlämnar nu enligt miljöbalken målet till regeringen för prövning och har därför lämnat ett yttrande. Klagande parter är flera kommuner längs Vättern, organisationer och privatpersoner. Även Fortifikationsverket har överklagat beslutet, men de vill ha lättnader. Motpart är Länsstyrelsen i Västra Götalands län och Vadstena kommun som anfört att kommunen anser att länsstyrelsens beslut är väl avvägt. Dock anser man från Vadstenas sida inte att det ska göras ytterligare lättnader.
Mark- och miljödomstolen föreslår att regeringen i första hand ska upphäva det överklagade beslutet och avvisa ansökan om dispens. De anser att dispens och tillstånd i det här fallet fått en avgränsning. Istället menar de att det behövs en samordnad prövning av miljöpåverkan där alla åtgärder som behöver göras på flygplatsen finns med i en gemensam ansökan.
Vidare föreslår domstolen att överklagandena från Aktion Rädda Vättern (ARV) och Skaraborgs Natursskyddsförening avvisas med hänvisning till att ideella föreningar inte har klagorätt i beslut som rör Försvarsmakten.