Fria Intermilia i Motala får inget gehör efter att ha överklagat beslutet om indraget tillstånd för verksamheten.
Skolinspektionen konstaterade i höstas en rad problem på friskolan, bland annat bristande ledarskap som påverkade undervisningen negativt.
Förvaltningsrätten i Stockholm delar Skolinspektionens bedömning.
"Det är klarlagt att det rör sig om allvarliga missförhållanden och brister som på ett allvarligt sätt rubbar förutsättningarna för verksamheten", skriver förvaltningsrätten i sin dom.
Enligt domstolen fanns det skäl för att återkalla stiftelsens godkännande som huvudman för förskoleklass och grundskola. Med hänsyn till bristernas omfattning och karaktär anses beslutet inte ha varit oproportionerligt och verksamhetens överklagande avslås därför.
Skolan har sedan tidigare begärts i konkurs. Eleverna har placerats om till kommunala skolor och Motala kommun har tagit över förskoleverksamheten på Lilla Emilia.