Beslutet tog nämnden på sitt senaste sammanträde.
– Vi tycker inte att domstolen har bedömt själva sakfrågan, om det går att använda kreosot eller inte, säger miljöchefen Jenny Asp-Andersson.
Kommunerna har förbjudit Svenska kraftnät att använda kreosotimpregnerat virke i fundamenten för kraftledningsnätet Sydvästlänken.
Förbudet antogs inte bara av miljönämnden i Mjölby/Boxholm, utan även plan- och miljönämnden i Motala och av flera kommuner i Jönköpings län.
De ville få prövat om lagstiftningen tillåter detta.
Länsstyrelsen i Östergötland gav Svenska kraftnät rätt, trots att grannmyndigheten, länsstyrelsen i Jönköpings, län tidigare beslutat om förbud.
De berörda kommunerna i Östergötland överklagade till mark- och miljödomstolen som gick på länsstyrelsen i Östergötlands linje.
Samtidigt som dessa domar föll avgjorde mark- och miljödomstolen fyra andra mål. Den har därmed upphävt förbuden mot kreosotimpregnerade ledningsfundament i fyra kommuner i Jönköpings län.
Än så länge är det oklart hur många av de övriga berörda kommunerna som tänker överklaga.