Det vidtas inte tillräckliga åtgärder för att förhindra stölder och skadegörelse, enligt Riksrevisionen.
Museerna har svårt att leva upp till en rimlig säkerhetsnivå, hävdas det vidare.
– Vi har tittat på tre aspekter. Dels spårbarhet, som innebär att varje föremål ska vara registrerat, att man ska veta var det finns och ha foton på det. Dels stöld och skadegörelse, och också förstörelse och katastrofer, säger Per Dackenberg, revisionsdirektör och projektledare för granskningen, i en intervju med TT.
13 statliga centralmuseer har undersökts – bland dem nyöppnade Nationalmuseum, Historiska museet, Vasamuseet, Skansen och Naturhistoriska riksmuseet.
I listan återfinns också Statens försvarshistoriska museer med filialerna Armémuseum och Flygvapenmuseum i Linköping.
– Det är väldigt varierande typer av föremål på museerna vi granskat, från flygplan och fartyg till skulpturer och ritningar, fortsätter Dackenberg.
Riksrevisionens undersökning har visat att museerna jobbar hårt och ambitiöst med säkerheten, men resultatet blir trots det inte alltid så bra.
– De värsta bristerna vi har hittat är att det på många håll saknas planer om det till exempel brinner. Vilka föremål som är viktigast att rädda först, och var de finns. Det måste också räddningstjänsten veta.
Noomi Eriksson, som tillträdde som chef för Flygvapenmuseum i Malmslätt vid årsskiftet, håller med i den kritik som Riksrevisionen riktar mot museerna.
– Det är en gedigen undersökning man gjort. Och jag tycker att slutsatsen är korrekt. Framförallt när det gäller att samtliga saker ska finnas med i vår databas.
Eriksson menar att Flygvapenmuseum har koll på de stora föremålen, som flygplan och helikoptrar, men att det finns stora brister när det gäller de mindre objekten, exempelvis uniformer, hjälmar, pilotoveraller och flygplansstolar.
Enligt en preliminär sammanräkning förvaras omkring 100 000 artiklar i museets sammanlagt sex magasin. Endast cirka hälften av dessa är registrerade.
– Det är såklart en jättebrist, men det kan delvis förklaras med att vi under åren 2007 och 2008 fick ta emot en stor mängd föremål från Försvarsmakten som inte var sammanställda fullt ut.
Nu har Flygvapenmuseum satt upp dokumentationen som en viktig punkt på prioriteringslistan.
– Riksrevisionen har helt rätt när man säger att det här arbetet måste göras. Det är viktigt att vi spårsäkrar allt som finns här, att vi listar det som är viktigast att rädda om det till exempel skulle utbryta en större brand. Men det är mycket som ska hanteras. Vi räknar med att det rör sig om cirka 50 000 olika objekt som ska fotograferas och placeras i vår databas med en beskrivande text.
Enligt Noomi Eriksson kommer jobbet att kräva att museet får tillgång till sex nya årsarbetare.
– Staten måste skjuta till pengar för att det ska bli verklighet. Får vi de ekonomiska medel som behövs är målet att vi ska vara klara 2022. Jag gissar att det handlar om i storleksordningen fyra, fem miljoner kronor.
Torsten Nilsson, chef för museets samlingsenhet, berättar att han och hans medarbetare står redo att göra det jobb som krävs.
– Här inne förvaras flyghistoria som inte går att värdera i pengar. Att vi inte vet vad skatten innehåller i alla delar är givetvis inte bra, säger han.