Eleven ska, enligt polisanmälan, hotat de två kvinnliga rektorerna på sociala medier, på skolans läroplattform och via personal på skolan.
Enligt anmälan har eleven ha sagt att han "ska ge sig på rektorerna utanför skolan" och att han ska bränna ned skolan. Flera i personalen och andra elever har sett och hört när eleven uttalat hoten.
Hoten uppges ha skett någon gång i slutet av februari och har, enligt anmälan, gjort rektorerna rädda.
De båda bär sedan dess så kallade beredskapslarm som är kopplade till kommunens säkerhetsbolag.
– Det har hanterats av kommunens säkerhetsavdelning. Jag känner att vi har fått det stöd och den hjälp vi behövt, säger Jenny Lindvall, rektor på skolan.
Både hon och biträdande rektor Beatrice Zechel är förtegna om situationen, och hänvisar till den sekretess som råder kring enskilda elever.
Eleven i fråga är misstänkt för fler brott.
I februari larmades polisen till skolan och patrullen skrev en anmälan om misshandel och olaga hot.
Eleven misstänks för att ha misshandlat en annan elev på skolan och hotat att "sticka kniven" i denne.
I samband med detta vidtog skolan åtgärder.
Pia Aron är förundersökningsledare hos polisen.
– Eftersom de inblandade är under 15 år och misshandeln är av normalgraden kommer polisen inte att utreda det här vidare, utan vi lämnar över till socialtjänsten, säger hon.
Först om misshandeln klassas som grov kan polisen välja att utreda händelsen även om det rör sig om personer som inte är straffmyndiga.
Att skolpersonal tilldelas larm är ovanligt, säger kommunens säkerhetschef Anders Fernemark.
– Det senaste året har vi delat ut 1-2 stycken till kommunanställda, och det inbegriper även till exempel politiker, säger han.
Skolan kan även beställa larm direkt från det upphandlade säkerhetsföretaget, men hur många larm det i så fall skulle röra sig om vet inte Fernemark.
I veckan rapporterade P4 Östergötland att fler kommuner i länet det senaste året valt att anlita väktare på skolor för öka tryggheten.
I Linköping är denna åtgärd dock sällsynt.
Anders Fernemark uppskattar att max en handfull skolor använt väktare det senaste året.
– Väktare är en kortsiktig och kostsam lösning. Innan man väljer den åtgärden ser man alltid över vad skolan själv kan göra för att lösa en situation.