De två männen, som är 19 och 21 år gamla, har häktats som på sannolika skäl misstänkta för grovt sabotage mot blåljusverksamhet.
Oroligheterna utbröt på skärtorsdagen den 14 april i fjol när högerextremisten Rasmus Paludan skulle bränna koranen. Situationen urartade och den allmänna sammankomsten kunde inte genomföras.
Under upploppet skadades minst 28 poliser. 18 polisfordon vandaliserades, av vilka sju blev helt obrukbara och fick bärgas från platsen.
Enligt åklagaren deltog de nu häktade männen i stenkastningen på skärtorsdagen den 14 april. 21-åringen har tidigare suttit häktad under en period då han var misstänkt för att ha deltagit i upploppet på påskdagen, den 17 april. Han avfördes dock senare från utredningen.
Den häktade 19-åringen står sedan tidigare under åtal för grov misshandel i juli 2021 samt för misshandel i september 2022 och det finns, enligt åklagaren, en risk för att han begår fler brott.
Sedan tidigare har sju män dömts för inblandning i upploppen i Skäggetorp under skärtorsdagen och påskdagen. Nyligen avslutades en tredje stor rättegång i Linköpings tingsrätt mot sex män, mellan 18 och 49 år, som åtalats för att ha deltagit i stenkastningen den 14 april. Domen kommer att meddelas nästa fredag.
Åklagaren har tidigare uppgivit att totalt ett 50-tal personer är misstänkta för brott i samband med påskupploppen i Skäggetorp.
Åtal mot 19-åringen, som gjort vissa medgivanden och 21-åringen, som nekar till brott, ska vara väckt senast den 15 februari.