Brottet ska ha ägt rum någon gång i slutet av mars i Linköpings kommun detta året.
Mannen anhölls i sin frånvaro i början på april. Han arresterades några dagar senare i Storbritannien och överlämnades till Sverige i slutet av april. Han har sedan suttit häktad sedan i början av maj i väntan på rättegång.
I stämningsansökan skriver kammaråklagare Gabriella Ergül att mannen ska ha visat en "särskild hänsynslöshet genom att genomföra samlag med en närstående person samt då övergreppet skedde nattetid i målsägandens bostad."
Straffet för grov våldtäkt mot barn är fängelse i lägst fem och högst tio år.