– Trots att det på senaste tiden har skett stora framsteg inom epigenetisk forskning med hjälp av den här metoden så har forskare länge misstänkt att det finns något bakomliggande problem med den, som har bidragit till vilseledande resultat. Vi har nu identifierat en svaghet i metoden, som dock går att rätta till i efterhand, säger Colm Nestor, biträdande lektor vid institutionen för klinisk och experimentell medicin.
Fynden publicerades nyligen i tidskriften Nature Methods. Epigenetik är vetenskapen om kemiska förändringar i arvsmassan som påverkar en gen långsiktigt. En svaghet i en av de mest använda metoderna inom epigenetisk forskning – DIP-seq – kan alltså leda till missvisande resultat. Upptäckten kan få stor betydelse för forskningsfältet, där ”big data”, bioinformatik och avancerade DNA-analysmetoder används för att studera mycket stora mängder epigenetisk information.
– Felet är väldigt enkelt att åtgärda. Det går att korrigera i efterhand. I och med det blir det också möjligt att göra nya upptäckter från den stora mängd epigenetiska data som redan finns tillgänglig, säger Colm Nestor.
I grunden har varje cell i kroppen samma DNA-sekvens i arvsmassan. Men olika celltyper använder olika grupper av gener. Därför behövs ytterligare signaler som talar om vilka gener som ska användas i varje typ av cell. Signalerna består av olika kemiska grupper som placeras på DNA-sekvensen, som markörer. Dessa kemiska modifieringar av DNA bildar en del av det som brukar kallas den ’epigenetiska koden’. Epigenetiska skillnader mellan individer har betydelse vid kroppens normala utveckling, men det har även visat sig ha betydelse vid många sjukdomar, exempelvis cancer.
I den aktuella studien har forskarna upptäckt en brist i en av de vanligaste metoderna som används inom epigenetisk forskning, DNA-immunoprecipitationssekvensering (DIP-seq). Metoden går ut på att plocka ut de delar av DNA som bär en specifik epigenetisk markör. Colm Nestors forskargrupp såg att vissa epigenetiska markörer alltid dök upp på samma ställe, även på DNA som inte borde ha de epigenetiska markörerna. Genom att analysera mer än 125 befintliga dataset såg LiU-forskarna att DIP-seq fångade in DNA-sekvenser som inte hade några epigenetiska markörer. Dessa falskt positiva signaler, utgör 50–90 procent av de bundna DNA-regionerna, enligt studien.
– Vår upptäckt belyser hur viktigt det är att validera metoder i forskning där teknik med hög kapacitet används. Utan sådan noggrannhet i experimenten kan utbredda fel gömma sig i data, dolda på grund av att de upprepas i många studier, säger Colm Nestor.
Betyder det att all forskning måste göra om?– Nej, den sen stora merparten av resultat från befintliga studier är dock fortfarande korrekta. Vi ska fortsätta att använda de här metoderna, men korrigera för felen genom att designa experimenten på lämpligt sätt, säger Colm Nestor.
Kommer andra forskare att utmana era resultat nu?– Jag tror inte det. Våra resultat är tydliga, och det finns en allmän samsyn på att det är något som inte har fungerat.